As empresas participantes do Refis da Crise têm conseguido liminares favoráveis na Justiça Federal de São Paulo para parcelar apenas parte da dívida ativa. A 17ª Vara Federal Cível de São Paulo, por exemplo, autorizou um contribuinte a parcelar apenas R$ 2,3 milhões do total de R$ 3 milhões, referente a uma Certidão de Dívida Ativa (CDA). A empresa optou por continuar discutindo judicialmente o valor restante de R$ 700 mil porque são cobranças de Cofins que já estariam prescritas. O mesmo ocorreu no Tribunal Regional Federal da (TRF) da 3ª Região ao julgar um agravo de instrumento. A companhia tem uma dívida de R$ 23 milhões e quer parcelar apenas R$ 6 milhões.